自然流产是妊娠20周前胚胎或胎儿某种原因自动脱离母体而排出者。
经典概念认为，自然流产连续发生3次或3次以上者称为“习惯性流产”。有学者提出习惯性流产易使人们误解为流产是注定的与不可避免的，故建议将其定义为复发性早期自然流产。经过许多专家认同后，用“反复性自然流产”代替“习惯性流产”。因其病因是多方面的，现分述如下。
1．生殖器官解剖因素
1．1子宫畸形：子宫纵隔、单角子宫、双角子宫、鞍状子宫等畸形可导致宫颈容积变小，适应扩张能力下降或可因血液循环不良而影响孕卵植入及胚胎发育。
1． 2宫颈机能不全：子宫发育畸形常合并宫颈机能不全，另外创伤、手术和早孕人流，清宫，多次自然流产均可导致宫颈机能不全，不能有效地承受妊娠后不断增加的宫颈内压力和重量使子宫颈缓慢扩张常引起自然流产。
2． 宫颈粘连：无论流产清宫术，产后胎盘或胎膜残留行清宫术，刮宫等手术操作，均有引起宫颈粘连的可能，部分粘连可使子宫腔变形，或子宫内膜异常，影响胎盘形成及营养紊乱而致流产。
3． 子宫肌瘤：按子宫肌瘤分类，粘膜下肌瘤发生自然流产的机会最高，浆膜下肌瘤一般不引起流产，是否发生流产与肌瘤的部位，大小、数目均有一定的关系；若肌瘤改变宫腔大小或部分宫腔闭塞，则内膜血循环障碍，干扰受精卵的植入与胎盘形成以及胚胎的发育而致流产。
发性自然流产病因（遗传与免疫因素）
对流产胚胎作核型分析发现，有染色体异常的发生率大于反复流产夫妇染色体异常率，而且夫妇自身因素及环境因素均可导致胚胎染色体异常。常见的染色体异常如非整倍体、多倍体、染色体异位、倒位以及性染色体异常等，均可造成胚胎发育异常而流产。
随着免疫遗传学的发展，很多资料显示免疫异常是自然流产的主要因素之一。
现代医学证实很多抗原如组织相容性抗原（HLA）、滋养细胞抗原、血型抗原以及抗磷脂抗体、抗精子抗体、抗核抗体、抗甲状腺抗体、抗胰岛素抗体、封闭抗体等均与自然流产关系密切。
女性的全部生殖过程中，如卵子的发生与发育、受精，孕卵的植入，胚胎的发育与分娩等在胎儿与母亲之间存在着极其复杂的免疫学问题，当免疫功能异常时则出现自然流产。
1．HLA与自然流产：这是一类存在于细胞表面，并可引起强烈排斥发应的抗原，对母亲而言，胚胎是半自己半异己的免疫移植物，因而组织HLA在关系到胚胎存活的免疫反应中具有重要的意义。HLA可分为A、B、C、D和DR等多种，当发生母体免疫系统排斥胎儿的反应时，则可导致自然流产。
2．血型抗原系统与自然流产：在ABO血型不合夫妻中，约1/5发生流产，其机制是因胎盘屏障上有裂隙或某些缺陷，使胎儿红细胞有机会经胎盘进入母体，使母亲致敏而产生相应抗体，抗体又穿过胎盘干扰胎儿的器官形成和胚胎发育导致流产，当Rh血型不同时，若丈夫为Rh+，妻子为Rh—时，Rh+的胎儿红细胞可经胎盘进入母体而产生抗体，该抗体自进入胎儿体内使胎儿受损而流产。
